Ο «πόλεμος της Ηλιούπολης», που θα ξεκλήριζε την οικογένεια Γρηγοράκου ήταν σε εξέλιξη, ενώ πέντε μήνες νωρίτερα είχε πέσει νεκρός στην Πετρούπολη ο Θέμης Παπαμάλης, τον οποίο η Ασφάλεια θεωρούσε έως τότε άνθρωπο του Καλαποθαράκου, αλλά οι πληροφορίες έλεγαν ότι τα είχαν «σπάσει». Όλα έδειχναν ότι οι φονιάδες του είχαν εκτελέσει ένα πολύ «βαρύ» συμβόλαιο θανάτου.
Ο Θέμης Καλαποθαράκος ξεχώριζε πάντα στη νύχτα. Με το άψογο στιλ του, το ακριβό ντύσιμο, το πλατύ χαμόγελο, τους ασπασμούς του με επώνυμους Αθηναίους και τη λεπτή συμπεριφορά του. «Σαν να κατέφθανε στην απονομή των βραβείων Όσκαρ ένας εκ των διάσημων σταρ», όπως έλεγαν κάποιοι. Αντίθετα η Αστυνομία είχε την άποψη ότι καταξιώθηκε αναλαμβάνοντας για χάρη επώνυμων φίλων του την «ενόχληση», τον ξυλοδαρμό, ή ακόμη και την εξόντωση αντιπάλων τους στον επιχειρηματικό τομέα.
Το βράδυ της 25ης Ιουλίου 2000 ο 37χρονος Θέμης Καλαποθαράκος επέστρεφε από τη βίλα του με το “Mitsubishi Pajero” της μητέρας του. Εκεί του είχαν στήσει καρτέρι οι δύο εκτελεστές πάνω σε μια “Yamaha ΧΤ” 600 κυβικών. Το τζιπ είχε διανύσει 200 μέτρα στην οδό Ποσειδώνος, όταν οι δολοφόνοι άνοιξαν πυρ εναντίον του με ένα αυτόματο «Καλάσνικοφ» και ένα 9άρι πιστόλι. Οι σφαίρες τρύπησαν τα λάστιχα του τζιπ, το οποίο ακινητοποιήθηκε. Παρ’ όλ’ αυτά ο Καλαποθαράκος προσπάθησε να αντιδράσει και «απάντησε» στα πυρά με το δικό του 9άρι “Smith & Wesson”. Όμως οκτώ σφαίρες τον τραυμάτισαν θανάσιμα στο θώρακα και την κοιλιά. Όταν έφτασαν οι αστυνομικοί, μάζεψαν περισσότερους από 60 κάλυκες, σε μια ακτίνα 100 μέτρων! Είχε γίνει πραγματική μάχη, από την οποία ο Καλαποθαράκος δεν κατάφερε να βγει ζωντανός. Στο τροχόσπιτο στην αυλή του σπιτιού βρέθηκε ένα υποπολυβόλο γιουγκοσλαβικής κατασκευής, ένα αυτόματο, δύο χειροβομβίδες, πυροκροτητές και δεκάδες σφαίρες.
Ήταν η δεύτερη και… «φαρμακερή» για τον 37χρονο Μανιάτη. Τα ξημερώματα της 5ης Ιουλίου 1996 ένας 26χρονος αστυφύλακας με συναισθηματική διαταραχή, όπως είπαν οι γιατροί, ο Ηρακλής Νικολοπουλος, άνοιξε πυρ μέσα στο νυχτερινό κέντρο “Prinz” στην παραλιακή λεωφόρο, με αποτέλεσμα να σκοτώσει με τρεις σφαίρες τον 37χρονο Γιώργο Φραγκογιάννη και να τραυματίσει τον Καλαποθαράκο, ο οποίος μεταφέρθηκε στο Ιατρικό Κέντρο Παλαιού Φαλήρου. Οι αστυνομικοί δεν κατάφεραν να του πάρουν ούτε λέξη. «Πρόκειται για δική μου υπόθεση. Θα το σκεφτώ και σε δυο μέρες θα σας απαντήσω», τους είπε όταν πήγαν να του πάρουν κατάθεση!
Ο Ηρακλής Νικολόπουλος, ο οποίος υπηρετούσε με απόσπαση στην υπηρεσία φυσικής αγωγής του υπουργείου Δημόσιας Τάξης, υποστήριξε ότι «τιμώρησε τους παράνομους». «Δεν μπορούσα να ανεχθώ τον άσωτη ζωή που έκαναν, εκβιάζοντας καταστηματάρχες», είπε στους αξιωματικούς της Ασφάλειας. Στο Μικτό Ορκωτό Δικαστήριο Αθηνών, όπου εκδικάστηκε η υπόθεση το Νοέμβριο του 1997, δεν αρνήθηκε την πράξη του. Πίστευε πως ήταν ο «Μεσσίας» και την ώρα που πατούσε τη σκανδάλη εκτελούσε θεϊκή εντολή. Με οριακή πλειοψηφία οι δικαστές απέρριψαν τον ισχυρισμό του ότι είχε το ακαταλόγιστο και τον καταδίκασαν σε ισόβια και επιπλέον κάθειρξη 12 ετών.
Ένα μήνα αργότερα, στις 4 Δεκεμβρίου 1997, η ισχυρή έκρηξη στο διαμέρισμα του πατέρα του, Νίκου Νικολόπουλου, απόστρατου συνταγματάρχη, στην οδό Τριπόλεως 22 στον Κολωνό, από την οποία ο άτυχος άνδρας διαμελίστηκε, θεωρήθηκε ως η «απάντηση» των κυκλωμάτων της νύχτας στις δολοφονικές σφαίρες του γιου του. Κάτι τέτοιο, όμως, δεν αποδείχθηκε ποτέ.
Στο μεταξύ ο Θέμης Καλαποθαράκος ξεπέρασε τα τραύματα που του άφησαν οι πέντε σφαίρες του Νικολόπουλου και οι πληροφορίες τον ήθελαν να φεύγει στο εξωτερικό για να αποφύγει την εμπλοκή του με τη δικαιοσύνη, χωρίς ωστόσο να χάνει τον απόλυτο έλεγχο στη νύχτα. Έως τότε δεν είχε κατηγορηθεί για σοβαρά αδικήματα. Το 1986 είχε συλληφθεί μετά από καταδίωξη και, όπως είπε στους αστυνομικούς, δεν σταμάτησε στο σήμα τους, επειδή φοβόταν ότι τον κυνηγούσαν άνθρωποι του «σιναφιού» του. Στην κατοχή του είχε βρεθεί μικροποσότητα χασισέλαιου. Όμως μια αναφορά του τμήματος ανθρωποκτονιών τον Ιούνιο του 1997 προς τον προϊστάμενο της εισαγγελίας Εφετών τον κατηγορούσε ως εντολέα τουλάχιστον δύο φόνων που είχαν αποδοθεί στο «συνδικάτο του εγκλήματος», σε βάρος του διαχειριστή του κλαμπ “Mercedes” Βαγγέλη Παρασιάκου, τον Φεβρουάριο του 1993 στη Νέα Ερυθραία και του δάσκαλου οδήγησης Μανόλη Σάμιου, τον Ιανουάριο του 1994 στον Άγιο Ιωάννη Ρέντη.
Η έρευνα δεν προχώρησε, άλλωστε την πρόλαβαν οι εξελίξεις. Πολλοί είχαν συμφέρον να βγάλουν από τη μέση τον Θέμη Καλαποθαράκο. Πέντε μήνες πριν από τη δολοφονία του, είχε πέσει νεκρός με τουλάχιστον 19 σφαίρες, ο 48χρονος Θέμης Παπαμάλης έξω από το σπίτι του, στην οδό Αριστείδου 23 στην Πετρούπολη.
Ήταν ο άνθρωπος που «φωτογραφιζόταν» από την Αστυνομία ως ο κατασκευαστής της βόμβας που διαμέλισε τον πατέρα του Ηρακλή Νικολόπουλου στον Κολωνό. Καλαποθαράκος και Παπαμάλης, άλλοτε συνεργάτες, τα «έσπασαν» με αφορμή μια δολοφονία και από τότε η Αστυνομία είχε εντάξει τον 48χρονο βομβιστή – «νονό» στην «ομάδα» του Βασίλη Στεφανάκου, ο οποίος, σύμφωνα με τις διαρροές, κρυβόταν πίσω από τη εκτέλεση του Καλαποθαράκου, για να εκδικηθεί τη δολοφονία του δικού του ανθρώπου και παράλληλα να αναλάβει τα ηνία της νύχτας. Ως συνήθως, όταν πρόκειται για «ξεκαθάρισμα λογαριασμών», σύμφωνα με τη φράση κλισέ, οι έρευνες κατέληξαν σε αδιέξοδο.